Наша лаборатория открывает сезон одноклеточного секвенирования

Почему клетки с одинаковым генотипом по-разному реагируют на один и тот же сигнал запускающий клеточную смерть ? Почему часть клеток погибает, а часть остается живой? 

Чтобы узнать ответы на эти вопросы, наше внимание сосредоточено на поиске ассоциации между экспрессией генов и фенотипом (в нашем случае фенотип — это клеточная смерть). Когда клетка умирает, она имеет определенный уровень экспрессии генов, решающих ее судьбу. Все они отражены в последовательности нуклеотидов РНК, строящейся комплементарно тем областям в ДНК, которые активны в данный конкретный момент. Совокупность РНК, синтезируемая одной клеткой, называется транскриптом. Транскриптом, в отличие от генотипа, может быть разным у генетически идентичных клеток в силу эпигенетических условий, определяемых изменениями окружающей среды клетки, особой динамики процесса и другими негенетическими причинами. Именно последние нас и интересуют. 

Существует подход eQTL, позволяющая определять геномные локусы (области), ответственные за изменение транскриптома, а следовательно и различный уровень экспрессии белков. Расшифровывается аббревиатура eQTL следующим образом: expression Quantitative Trait Loci или локусы количественных признаков экспрессии. Эти области могут содержать эффекторы, которые влияют на фенотип посредством своей экспрессии.
Если изучать смесь из множества клеток, то разделить эти эффекторы, узнать какой за что отвечает, очень трудоемкая работа, а результат может недостаточно точно отражать действительность. Поэтому наши сотрудники пошли другим путем. 

Мы будем изучать каждую клетку подробно, не упуская генетических нюансов, с помощью технологии Одноклеточного Секвенирования. 
Данная технология позволит выявить уровень экспрессии тех генов, количество прочтений которых статистически коррелируют с клеточной смертью или резистентностью к ней.



Добавить комментарий